MAGE-TAB Utilities

The following modules are used to manipulate the data model - the actual MAGE-TAB Utilities. They provide parsing, visualization, database loading and export functionality:

• Bio::MAGETAB::Util::Builder
• Bio::MAGETAB::Util::DBLoader
• Bio::MAGETAB::Util::Persistence
• Bio::MAGETAB::Util::Reader
• Bio::MAGETAB::Util::RewriteAE
• Bio::MAGETAB::Util::Writer
• Bio::MAGETAB::Util::Reader::ADF
• Bio::MAGETAB::Util::Reader::DataMatrix
• Bio::MAGETAB::Util::Reader::IDF
• Bio::MAGETAB::Util::Reader::SDRF
• Bio::MAGETAB::Util::Reader::Tabfile
• Bio::MAGETAB::Util::Reader::TagValueFile
• Bio::MAGETAB::Util::Writer::ADF
• Bio::MAGETAB::Util::Writer::GraphViz
• Bio::MAGETAB::Util::Writer::IDF
• Bio::MAGETAB::Util::Writer::SDRF
• Bio::MAGETAB::Util::Writer::Tabfile

MAGE-TAB Utilities - Data Model

UML Diagrams

PDF diagrams created using MagicDraw 15.1:

• ADF
• IDF
• SDRF

Perl modules

The following modules are used to handle the data model used by MAGE-TAB Utilities:

• Bio::MAGETAB
• Bio::MAGETAB::ArrayDesign
• Bio::MAGETAB::Assay
• Bio::MAGETAB::BaseClass
• Bio::MAGETAB::Comment
• Bio::MAGETAB::CompositeElement
• Bio::MAGETAB::Contact
• Bio::MAGETAB::ControlledTerm
• Bio::MAGETAB::Data
• Bio::MAGETAB::DataAcquisition
• Bio::MAGETAB::DatabaseEntry
• Bio::MAGETAB::DataFile
• Bio::MAGETAB::DataMatrix
• Bio::MAGETAB::DesignElement
• Bio::MAGETAB::Edge
• Bio::MAGETAB::Event
• Bio::MAGETAB::Extract
• Bio::MAGETAB::Factor
• Bio::MAGETAB::FactorValue
• Bio::MAGETAB::Feature
• Bio::MAGETAB::Investigation
• Bio::MAGETAB::LabeledExtract
• Bio::MAGETAB::Material
• Bio::MAGETAB::MatrixColumn
• Bio::MAGETAB::MatrixRow
• Bio::MAGETAB::Measurement
• Bio::MAGETAB::Node
• Bio::MAGETAB::Normalization
• Bio::MAGETAB::ParameterValue
• Bio::MAGETAB::Protocol
• Bio::MAGETAB::ProtocolApplication
• Bio::MAGETAB::ProtocolParameter
• Bio::MAGETAB::Publication
• Bio::MAGETAB::Reporter
• Bio::MAGETAB::Sample
• Bio::MAGETAB::SDRF
• Bio::MAGETAB::SDRFRow
• Bio::MAGETAB::Source
• Bio::MAGETAB::TermSource
• Bio::MAGETAB::Types